Patofyziologie je obor, který se zabývá příčinami (etiologie) a mechanismy rozvoje nemocí (patogeneze) a změnami fungování organismu při nemoci (tj. kompenzacemi a adaptacemi na změny orgánových příp. tkáňových funkcí, které jsou často podstatou klinického projevu nemocí a tedy diagnosticky důležité). S výjimkou akutních infekcí, úrazů a dalších stavů vyvolaných zpravidla vnějšími faktory je nemoc typicky déledobý proces, který zůstává po určitou dobu asymptomatický a teprve za určitých okolností se stává klinicky zjevnou chorobou. Snažíme se studenty induktivně vést k pochopení PROČ a JAK k daným změnám dochází. Naší snahou je pomoci studentům pochopit etiopatogenezu nemocí od počátečních molekulárních a genetických alterací, přes změny buněčné, tkáňové a orgánové až po případný systémový proces. Důraz klademe na:

- pochopení základních patofyziologických konceptů,

- využití analogií (podobnosti a odlišnosti např. důsledků hypoxie, chronického zánětu, abnormální regulace buněčné proliferace v různých lokalizacích),

- syntézu dosavadních poznatků z jiných disciplín (zejm. fyziologie, imunologie, biochemie aj.),

- efekt inter-individuální variability a pochopení důležitosti chronobiologie,

- vysvětlení molekulárních mechanizmů zejm. tam, kde je to diagnosticky, terapeuticky nebo prognosticky důležité,

- epidemiologické hledisko, tj. akcent na prevalentní nemoci a stavy,

- emergenci, tj. akcent na patofyziologii stavů bezprostředně ohrožujících život.

Patofyziologie je z hlediska výuky na lékařské fakultě klíčovým oborem, který integruje teoretickou a preklinickou část studia a tvoří přímé spojení s obory klinickými. Bez ohledu na převážně deduktivní charakter lékařské praxe je patofyziologické induktivní myšlení základem lékařského uvažování a nelze si bez něj představit efektivní diagnostickou či léčebnou rozvahu. Naší ambicí je pomoci studentům v přechodu ke klinické medicíně a klinickému myšlení a usnadnit jim osvojení „královského umění“ lékaře, tj. diferenciální diagnostiky. Rovněž se snažíme, bez ohledu na dominantně teoretickou povahu disciplíny, ve studentech pomoci budovat paradigma „medicíny založené na důkazech“ doplněné o koncept smysluplné personalizace („presicion medicine“). Naším motem je excelence vědy a výzkumu, těsné propojení vědy a výuky a profesionalita obojího, smysluplné a efektivní využití alokovaného času v kurikulu daných studijních programů, kolegiální přístup a otevřenost vůči studentům a budování entuziasmu pro profesi lékaře či zdravotnického pracovníka.